Het NPI heeft een centrale plaats in het praktische deel van de opleiding tot psychoanalyticus. Wij verzorgen leerarbeidsovereenkomsten voor psychoanalytici en psychoanalytische psychotherapeuten in opleiding. Zij kunnen in dat kader controleanalyses doen en ook deelnemen aan een ‘educatieve staf’ georganiseerd door de behandelafdelingen om de indicatieonderzoeken te bespreken. Zo kunnen zij onder supervisie van deskundige collega’s ervaring opdoen met het hele indicatieproces.
Door de herstructurering bij de psychotherapieopleidingen zijn op dit moment geen stagiairs vanuit deze opleidingen actief bij het NPI, zoals jarenlang wel het geval was. Vanaf 2007 komen voor deze groep professionals in opleiding weer opleidingsplaatsen beschikbaar.
Het NPI heeft enkele opleidingsplaatsen voor verschillende postdoctorale opleidingen in de GGZ. Jaarlijks in september kan er een parttime GZ-opleidingsplaats ingevuld worden. Met Mentrum Amsterdam bestaat een samenwerkingsovereenkomst, waarin psychiaters i.o. van hun keuzejaar psychotherapie een dag per week op het NPI kunnen werken. Met Altrecht Utrecht is afgesproken om een deel van de opleiding van klinisch psychologen bij het NPI onder te brengen.
Het NPI wil psychoanalytische inzichten en behandelvormen graag een plaats doen krijgen binnen alle reguliere GGZ-opleidingen, ook in de opleidingen voor eerstelijnsberoepen. Dat geldt zeker voor de ‘witte plekken’ in het opleidingsveld. Zo geven NPI-medewerkers aan de GZ-opleiding Amsterdam twee keer per jaar een cursus psychoanalytische concepten. Los van deze institutionele afspraken die ook met andere opleidingen wenselijk zijn, doceren veel psychoanalytici en medewerkers van het NPI à titre personnel psychoanalytische onderwerpen bij verschillende (psychotherapie)opleidingen.